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教程(二十一)几何结构优化中如何固定部分原子

关键词:几何结构优化 如何固定部分原子    发布时间:2020-04-09 00:01:04    点击数:932

(一)引言:

➢ 在几何结构优化时,我们有时需要固定某些原子以达到研究的某种目的。比如,研究表面化学问题时,常常固定材料基底;使用ONIOM模型时,也会将低层的原子坐标进行固定,等等。本文将介绍如何固定原子坐标。

(二)设置过程:

1. 方法一:笛卡尔坐标前加入“-1”标志
█ 软件版本Gaussian 16, GaussView 6。
█ 以甲烷分子为例,首先绘制一个甲烷分子。然后保存为输入文件,然后使用写字板(或者其它文本编辑器)打开输入文件,显示如下:




█ 如果需要固定某个原子,则在笛卡尔坐标前加入“-1”标志即可。比如,本例假设需要固定的原子为1号C和2号H,则输入文件格式如下图所示:






2. 方法二:使用Opt=ReadOpt关键词指定
█ 此关键词意思是读入需要优化的原子,默认是全部优化的。如果需要固定某些原子,则使用NotAtoms参数来指定。例如上例需要固定1号C和2号H,则输入文件为:




█ 用opt=readopt来设置往往比方法一的做法方便得多。关于此关键词更多的用法,可以参考Gaussian官网相关内容:http://gaussian.com/opt/

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